Unter den meistbekannten und meistangewandten klinischen Methoden ist auch die Mesotherapie gegen Haarausfall. Eigentlich muss sie mit einer Haarthermotherapie und einer speziellen Massage durchgeführt werden. Wie bei der Haarthermotherapie wird das Haar mit einem ozonisierten Dampf aufgeweicht um es auf die Mesotherapie vorzubereiten. Während dieser Phase wird auch die behaarte Haut modifiziert um weniger schmerzempfindlich zu werden. Eine Haarmesotherapie ohne eine vorangegangene Haarthermotherapie ist klinischen Studien zufolge um einiges schmerzhafter. 

Nach der Thermotherapie wird ein Gemisch vorbereitet, bestehend aus Bestandteilen wie Vitaminen, Mineralien, keratolytischen Mitteln, Minoxidil, Kreislaufverstärkern und einem Lokalanästhetikum, welches in die sogenannte „Haarmesotherapiepistole“  geladen wird. Diese „Pistole“, welche an einen Computer angeschlossen ist, entscheidet beim abdrücken des Auslösers wie viel des Gemisches unter die behaarte Haut gespritzt wird. Während des gesamten Vorgangs kann die Dosierung vom behandelnden Arzt am Computer überwacht und beeinflusst werden. Nachdem die nötigen Einstellungen vorgenommen wurden, wird das Gemisch mittels der Pistole unter der gesamten behaarten Kopfhaut verteilt. 

Die Haarmesotherapie ist auch manuell, also von Hand, durchführbar. Allerdings ist es nahezu unmöglich die gleichen Einstellungen auf das gesamte benötigte Feld anzuwenden. Daher empfiehlt es sich eine Art von Hilfe zu benutzen. Nachdem die gesamte Kopfhaut auf diese Weise behandelt wurde, wird eine spezielle Fettmasse aufgetragen, was die Poren schließt und eine Menge des Wirkstoffs im Inneren behält. Der Patient darf nach der Mesotherapie die Haare weder waschen, befeuchten noch mit irgendwelchen Medikamenten behandeln. Unter diese Regel fallen ebenfalls Haarkuren, die zur Heimanwendung bestimmt sind.

Die Haarmesotherapie wird in Sitzungen durchgeführt. Jede dieser Sitzungen dauert im Schnitt etwa 40 Minuten. Die ersten 4 Sitzungen werden einmal monatlich, die letzten 4 einmal alle 15 Tage durchgeführt. Der Abstand zwischen den Sitzungen darf während der ersten 4 Sitzungen maximal 11 Tage betragen. Bei den letzten 4 Sitzungen darf der Abstand zwischen ihnen maximal 22 Tage betragen.

Es ist nützlich eine Haarmesotherapie während des Jahreszeitenwechsels in den Monaten September und Oktober oder den Monaten April und Mai, einmalig durchzuführen. Dies ist eine hilfreiche Option für Haartransplantationspatienten oder Patienten der Risikopatienten Gruppe.

Einige Ärzte empfehlen ihren Patienten eine regelmäßige monatliche Mesotherapie.